同側の人差し指と中指を捻挫し施術した場合、別々で算定可能？

いいえ、別々では算定できません。
どちらか1部位の料金で算定してください。

指・趾の打撲・捻挫における施術料は、一手又は一足を単位として所定料金により算定するものであること。
療養費の支給基準より